Il 12 febbraio 1797 fu votato l’articolo 349 della Costituzione della Repubblica Cisalpina che stabiliva che vi fosse “per tutta la Repubblica un Istituto nazionale incaricato a raccogliere le scoperte e a perfezionare le arti e le scienze”: nacque così l’Istituto Nazionale della Cisalpina, progenitore dell’attuale Istituto Lombardo. La dotazione di libri fu un’esigenza avvertita come primaria per il raggiungimento degli scopi statutari, tanto che nel 1802 fu chiesto al Governo di inviare gratuitamente all’Istituto una copia di "tutti i libri di scienza, di letteratura e d’arti" stampati nel territorio della Repubblica, in modo da poter avviare la formazione di una biblioteca davvero utile al progresso. Ma furono soprattutto gli acquisti, i doni e gli scambi con altre istituzioni culturali italiane e straniere ad arricchire ininterrottamente la dotazione dei volumi. È del 1846 il primo catalogo della biblioteca, manoscritto in quattro volumi in folio, e risale a quello stesso anno anche il primo inventario dell’archivio, riordinato per materie consultabili in ordine alfabetico.